Neo, un informàtic que sap com infiltrar-se en sistemes avançats, rep la visita d'uns agents del govern que l'aturen. Poc després, Neo és contactat per Trinity, una jove que li presenta a Morfeu, el líder d'un grup de rebels que li descobreixen que en realitat la humanitat ha estat esclavitzada per les màquines i tot el que ha viscut fins ara és una falsa realitat creada per la intel·ligència artificial. Amb l'ajuda de Morfeu, Neo despertarà al món real i lluitarà contra el totpoderós sistema de Matrix.