La línia editorial del Museu es fonamenta en dues tipologies de publicacions. D’una banda, els Catàlegs d'exposicions temporals, que s'inicien al 1999 i s'integren a la col·lecció Quaderns del Museu Frederic Marès, que es va començar a editar al 1994 com a publicació periòdica. De l’altra, els Catàlegs de fons, catàlegs raonats de les col·leccions del Museu, dels quals ja se n'han editat 7 volums, els dos darrers en versió digital.

El Museu edita altres publicacions de divulgació general com la Guia del Museu Frederic Marès (català, castellà i anglès).