La línea editorial del Museo se basa en dos tipos de publicaciones. Por un lado, los llamados Quaderns del Museu Frederic Marès, una colección iniciada en 1994 como publicaciones periódicas, que han acabado convirtiéndose en los catálogos de las exposiciones temporales del Museo y que desde 2004 se publican mayoritariamente en versión trilingüe (catalán, castellano e inglés). Por otro, los Catálogos del Fondo, catálogos razonados de las colecciones del Museo, de los que ya se han publicado 5 volúmenes.

El Museo edita otras publicaciones de carácter general como la Guía del Museo Frederic Marès (catalán, castellano e inglés).